PROTEIN STRUCTURE By Simon BW

For more than 60 years, scientists have been firing X-rays at crystals of proteins in the quest to determine the three-dimensional make-up of large biological molecules. The results of these endeavours are more than 12 000 often beautiful structures – not just of proteins but DNA, RNA and other molecules. But fewer than 1000 of these structures are of human proteins, and only a few of the new structures produced each year are of human proteins. For tens of thousands of gene sequences – not only from the human genome but also from the genomes of the fruitfly and of microbes – we have no idea of the structure of the protein products and insufficient examples to use computers to model them accurately.

Compared with the manipulation of DNA, almost all aspects of which have been automated, producing just one protein structure can be a laborious and expensive process. Purifying and crystallising the protein can take many months of work, and months more lie ahead as the researcher fires X-rays at the protein crystal and then analyses the results. Structural genomics – in particular producing structures for all the 30–40 000 human proteins – presents a daunting challenge for the structural biology community, as daunting as that facing the DNA sequencers when the Human Genome Project was launched in 1990. Taken from Structural genomics. http://www.wellcome.ac.uk/News/News-archive/Browse-by-date/2001/Features/WTX024053.htm

If you know the gene sequence, and the amino acid sequence in the protein, why get the structure?

The string of amino acids folds up into a fiendishly complex arrangement, with twists, turns, loops and coils, which is very difficult to predict. The final shape the protein takes – its 3D structure – determines how it works in the cell.

So how do you get a structure?

Well, the first step is to get some very pure protein. After that, you can go a few different paths to get your structure, but the most common route is to grow some crystals.

Crystals? Like sugar crystals?

Yes and no. Salt or sugar crystals are durable and hard, but protein crystals are like fragile cubes of jelly. Growing crystals is something of a black art.

papain-structure

3 Dimensi struktur protein PAPAIN dari pepaya (Carica papaya)

Struktur 3 dimensi protein rapuh seperti juga struktur 3 dimensi jelly dalam cubes/cup

EKSTRAKSI PIGMEN BAHAN NABATI By Simon BW

Ekstraksi adalah proses pemisahan suatu bahan dari campurannya, biasanya dengan menggunakan pelarut. Ekstraksi dapat dilakukan dengan berbagai cara. Ekstraksi menggunakan pelarut didasarkan pada kelarutan komponen terhadap komponen lain dalam campuran (Suyitno, 1989). Shriner et al. (1980) menyatakan bahwa pelarut polar akan melarutkan solut yang polar dan pelarut non polar akan melarutkan solut yang non polar atau disebut dengan “like dissolve like”.

Tehnik ekstraksi lainnya misalnya menggunakan air untuk mengambil pigmen alami dari tumbuhan, seperti: daun, dll. Contoh: Ekstraksi pigmen biru dari daun tanaman Baphicacanthus cusia Brem dan Indigofera tintoria Linn (Tanaman asli negeri Gajah Thailand). ekstraksi betasianin pada tanaman suku Amarantaceae dapat dilakukan dengan 2 tahap yaitu ekstraksi dengan menggunakan air kemudian dilanjutkan dengan menggunakan metanol 80%. Namun ekstraksi pewarna alami dengan metanol, diragukan aspek keamanan pangannya.

Ekstraksi zat warna bunga kembang sepatu dengan menggunakan pelarut alkohol 95% lebih baik dari pada alkohol 70%. Demikian pula ekstraksi zat warna kulit rambutan lebih baik dilakukan pada alkohol 95%. Suhu dan lama pemanasan pada saat ekstraksi pigmen juga akan berpengaruh terhadap rendemen maupun kestabilan warna pigmen. Suhu ekstraksi terlalu tinggi, akan menimbulkan efek pemucatan pada warna pigmen alami. Kadar antosianin pada dedak sorgum lokal varietas coklat cenderung meningkat dengan meningkatnya suhu dan lama ekstraksi (30, 35 dan 40^oC) (Muhsin, 2007). pH larutan ekstraksi juga berpengaruh terhadap kestabilan warna pigmen.

Ekstraksi daun darah (Alternanthera dentata) dengan perlakuan suhu (4, 30 & 60 oC) dan proporsi air : etanol (8:2; 5:5 & 2:8) disimpulkan perlakuan suhu ekstraksi 30^oC dan pelarut air:etanol perbandingan 5:5 (v/v) didapatkan kadar betasianin 45,81 mg/100g, persen betasianin terekstrak 81,05%, residu etanol 0,099%, pH 6,68, Tingkat kecerahan 24,4, intensitas warna merah 4,7 dan intensitas warna kuning 7,9. Sedang esktraksi pigmen kulit buah tamarillo menunjukkan perbandingan bahan:pelarut 1:4 dan lama ekstraksi 1 jam dengan kadar asam askorbat 2,3466 mg/100 ml, kadar antosianin 197,4643 mg/l, pH 1,5667, Nilai L 22,7, Nilai a* 28,2333, Nilai b* 16,6167, residu alkohol 0,6833 %, persen asam askorbat terekstrak 5,7364 % dan persentase rendemen antosianin 0,7382.10^-2 %.  More ekstraksi-antosianin-2 ; pigmen-extraction-indigo

INTERAKSI ISOLAT PROTEIN DENGAN GLUKOMANAN by Simon BW

Analisis FTIR campuran isolat protein dan glukomannan menunjukkan pita pada 569,93 cm^-1 berdasarkan C=O kel. bid. bend; pita pada 1028,95 berdasarkan C-OH stretch, dan CH kel. bid. def; pita pada 1095,49 cm^-1 berdasarkan CH kel bid. def, dan H-C=O bend; pita pada 1395,4 cm^-1 berdasarkan C-N stretch, CH₃ bend sym, dan H-C=O bend; pita pada 1461,94 cm^-1 berdasarkan CH₃ bend. antisym, CH₂ bend, ring aromatic stretch, dan C-N stretch; pita pada 1517,87 cm^-1 berdasarkan overtone dan kombinasi; pita pada 1641,31 cm^-1 berdasarkan C=C stretch, C=O stretch, ring aromatic stretch; pita pada 2090,69 cm^-1 berdasarkan getaran overtone dan kombinasi; pita pada 3488,99 dan 3435,95 cm^-1 berdasarkan OH stretch monomer, dan NH₂ stretch.

Interaksi isolat protein (campuran tepung terigu, tepung kedele dan tepung jagung) dengan tepung glukomanan di duga melalui 2 teori. Teori pertama, gugus aromatik tersebut merupakan gugus aromatik protein yang berada dalam campuran protein dan glukomannan dan ikut teranalisa dengan tehnik FTIR. Teori kedua, terjadi interaksi antara protein dengan glukomannan melalui ikatan hidrogen, dimana menurut Yin and Zhang (2001), pada campuran isolat protein kedelai dan glukomannan, penambahan isolat protein kedelai menyebabkan peningkatan nyata pada viskoelastisitas campuran, hal ini menandakan interaksi antara dua biopolimer tersebut yang kemungkinan terjadi akibat ikatan hidrogen.

Siwalan dan kandungan NIRA nya

Siwalan (Borassus flabellifer L.), dikenal dengan nama lontar atau tal adalah sejenis palma yang tumbuh di Asia Selatan dan Asia Tenggara. Pohon ini terutama tumbuh di daerah-daerah kering. Di Indonesia, siwalan terutama tumbuh di sebelah timur pulau Jawa, Madura, Bali, Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur (Anonim, 2006ⁱ). Nama yang umum untuk siwalan menurut berbagai bahasa seperti bahasa Indonesia biasa disebut lontar, tal atau siwalan. Gambar : tan-siwalan

Klasifikasi tanaman siwalan menurut Anonim (2006^g) adalah:

Kingdom : Plantae

Divisio : Magnoliophyta

Klas : Liliopsida

Ordo : Arecales

Famili : Arecaceae

Genus : Borassus

Spesies : Borassus flabellifer L.

Komposisi nira siwalan dapat dilihat pada Tabel 1 berikut ini.

Tabel 1 Komposisi Nira Siwalan

Komponen	Jumlah
Total gula (g/100 cc)	10,93
Gula reduksi (g/100 cc)	0,96
Protein (g/100 cc)	0,35
Nitrogen (g/100 cc)	0,056
pH (g/100 cc)	6,7-6,9
Specific gravity	1,07
Mineral sebagai abu (g/100 cc)	0,54
Kalsium (g/100 cc)	Sedikit
Fosfor (g/100 cc)	0,14
Besi (g/100 cc)	0,4
Vitamin C (mg/100 cc)	13,25
Vitamin B1 (IU)	3,9
Vitamin B komplek	Diabaikan

Sumber: Davis and Johnson (1987)

Komposisi nira dari berbagai tanaman palmae seperti pada Tabel 2.

Tabel 2 Komposisi Nira berbagai Tanaman Palmae (%)

Jenis Tanaman	Kadar Air	Kadar gula	Kadar Protein	Kadar Lemak	Kadar Abu
Aren 1	88,85	10,02	0,23	0,02	0,03
Aren 2	87,66	12,04	0,36	0,02	0,21
Lontar	87,78	10,96	0,28	0,02	0,10
Nipah	86,30	12,23	0,21	0,02	0,43
Kelapa 1	87,78	10,88	0,21	0,17	0,37
Kelapa 2	88,40	10,27	0,41	0,17	0,38

Sumber: Anonim (1981)

Kerusakan Nira ditandai oleh penurunan pH disebabkan adanya perombakan gula menjadi asam organik oleh mikroba seperti khamir (Saccharomyces sp.) serta bakteri Acetobacter sp. Nira sangat mudah terkontaminasi karena mengandung nutrisi yang lengkap seperti gula, protein, lemak dan mineral yang sangat baik untuk pertumbuhan mikroba.

Pertumbuhan khamir optimal pada pH 4,0-4,5 (Fardiaz, 1992). Khamir tumbuh dengan baik pada suasana aerob namun untuk khamir fermentatif dapat tumbuh pada suasana anaerob (Jutono dkk, 1972). Menurut Said (1987) kadar gula yang optimal untuk pertumbuhan khamir adalah 10%, tapi kadar gula yang optimal untuk permulaan fermentasi adalah 16%.

Saccharomyces cereviceae merupakan khamir yang bersifat fermentatif kuat dan mempunyai suhu optimal untuk pertumbuhannya 25-30°C (Fardiaz, 1992) serta mampu menghasilkan enzim-enzim antara lain α-glukosidase, α-galaktosidase, selulase dan invertase (Astuty, 1991). Khamir Saccharomyces cereviceae bersifat anaerob fakultatif yang optimal dapat hidup dengan atau tanpa menggunakan O₂ sebagai penerima elektron terakhir dalam metabolisme selnya. Kondisi aerob sel khamir akan memperbanyak aktivitas pertumbuhan dan sedikit sekali menghasilkan etanol sedangkan pada kondisi anaerob aktivitas khamir cenderung menghasilkan etanol (Maiorella, 1985).

BUAH SIWALAN ATAU JUGA DISEBUT : BUAH LONTAR : Buahnya agak bulat, bergaris tengah 7 – 20 cm, ungu tua sampai hitam, pucuknya kekuningan. Buah berisi 3 bakal biji. Daging buah muda warna putih kaca/transparan, daging buah dewasa/tua warna kuning kemudian berubah menjadi serabut. Buah siwalan merupakan sumber karbohidrat berupa sukrosa, glukosa dan air. kadar protein dan lemaknya sangat rendah dibawah 1%, serta sedikit serat.

Kayu manis dan Kopi organik

Lembaga sertifikasi produk organik pun lahir dari komunitas nonpemerintah, salah satunya Board of Indonesian Organic Certification (BIOCert) atau Lembaga Penjamin Pertanian Organik Indonesia. Lembaga ini, menurut Direktur BIOCert Agung Prawoto, dimiliki oleh Perkumpulan BIOCert.

“BIOCert ini bekerja independen dan tidak dipengaruhi pihak mana pun dalam pengambilan keputusan sertifikasi,” ungkap Agung. Kelahiran BIOCert dipicu meningkatnya kesadaran masyarakat akan produk organik yang lebih sehat bagi tubuh maupun bagi lingkungan.

BIOCert mengacu pada ISO 65 dengan dukungan personel yang kompeten di bidang pertanian organik, inspeksi, dan sertifikasi. “Silakan jika ingin mendapatkan sertifikasi. Para petani organik berkelompok agar biaya sertifikasinya bisa lebih murah,” ujar Agung. Alamat BIOcert :

BIOCert:
Graha Sukadamai Lt.1
Jl. Sukadamai Indah No.1 Budi Agung Bogor
Telp/Fax. 02510331785,

More kayu-manis-kopi-organik

 

PROSEDUR SERTIFIKASI DOSEN By Simon BW

Prosedur sertifikasi dosen secara prinsip bisa dipelajari pada file pdf ini (Lihat file). Informasi ini diperoleh penulis pada saat acara sosialisasi dan penyamaan persepsi SERTIFIKASI DOSEN (SERDOS) DI gedung Widyaloka Universitas Brawijaya (UB) tgl 24 Juni 2008. UB oleh DIKTI diberi mandat sebagai Perguruan Tinggi Penyelenggara (PTP) SERDOS dengan membina PTP binaan UMM, Malang dan UJ (Univ Jember). Semoga bermanfaat bagi teman-2 sesama dosen, Komentar ? prosedur-sertifikasi-dosen

Syneresis By Simon BW

Definition, syneresis : Exudation of the liquid component of a gel.

the separation of liquid from a gel that is caused by contraction (as in cheese making)

Penetesan air dari gel seperti pada jelly, jelly drink dsb. Hal ini karena sistem gel kehilangan energi aktivasinya, sehingga air yang tadinya terperangkap dalam sistem gel, keluar meninggalkan sistem gel dan nampak tetesan air. inilah yang disebut peristiwa Sineresis.

Sineresis pada jelly BACA pada situs patent jelly composition

Sistem Koloid

Sistem kolloid adalah : suatu campuran zat heterogen antara dua zat atau lebih di mana partikel-partikel zat yang berukuran koloid tersebar merata dalam zat lain. Ukuran koloid berkisar antara 1-100 nm ( 10-7 – 10-5 cm ).
Contoh: saosMayones, susu sapi, sosis,

Mempelajari sistem kolloid dalam bidang teknologi pengolahan pangan sangat penting, untuk mendapatkan hasil produk akhir yang stabil sistem kolloidnya. Sehingga kenampakan dan sifat sesoris lainnya lebih disukai oleh konsumen. Baca situs sistem kolloid

UBI JALAR, KLASIFIKASI, JENIS & KOMPOSISI KIMIA By Simon Bw

Dalam tulisan ini dibahas, sejarah penyebaran ubi jalar, klasifikasi, jenis ubi jalar yang ada dan komposisi kimiawinya. ubijalar-22

BAHAN PEMBENTUK GEL By Simon BW.

Tulisan ini memuat jenis bahan pembentuk gel, seperti: karagenan dan tepung porang atau glukomannan. Fungsi karagenan dan glukomannan sebagai gelling agents. Mekanisme sinergisme dari karagenan dan glukomannan dalam mebentuk gel terutama pada produk-produk gel seperti: jelly drink. Semoga bermanfaat. Komentar anda?  bahan-pembentuk-gel-2